グラードン vs カイオーガ(前編)

サトシ一行は前回の爆発で海へ放り出されてしまったが、真下から潜水艦が浮上し助かった。しかしそれはマグマ団のものであり、サトシ達は見つかり次第捕まってしまった。マグマ団は既に超古代ポケモンの1体・カイオーガを捕獲しており、かつ、グラードンを制御するあいいろのたまを所持していた。一方マグマ団と対立するアクア団もグラードンを捕獲しており、カイオーガを制御するためのべにいろのたまを持っていた。マグマ団とアクア団はカイオーガとグラードンを交換する取引のためモンス島へ向かっていたが、マグマ団の基地に潜伏していたアクア団の作戦隊長イズミによってカイオーガが解き放たれてしまう。またアクア団のリーダー・アオギリはべにいろのたまでカイオーガを操り、マグマ団を襲わせる。その時の衝撃でマグマ団のリーダー・マツブサの手からあいいろのたまが離れてしまい、それを取ったサトシのピカチュウがあいいろのたまと融合してしまった！カイオーガはアクア団の手に渡り、ピカチュウは暴走を始め、そして、アクア団の基地で眠るもう1体の超古代ポケモン・グラードンも目覚めようとしていたのであった！