เด็กชายคนหนึ่งในยุคก่อนประวัติศาสตร์ที่ออกหาปลา แต่เมื่อเขากลับมาที่หมู่บ้าน หมู่บ้านก็ถูกทำลายพังพินาศ ผู้คนในหมู่บ้านหายไป ในความสับสนและเสียใจนั้นทประตูเวลาก็เปิดออก แล้วเขาก็ถูกดูดเข้าไปในวังวนแห่งกาลเวลา จนเดินทางมาถึงศตวรรษที่ 20
ในศตวรรษที่ 20 โนบิตะต้องการหนีออกจากบ้าน เนื่องจากไม่สามารถหาบ้านที่เหมาะสมได้ โนบิตะจึงตัดสินใจสร้างที่อยู่อาศัยชั่วคราว อย่างไรก็ตามเขายังไม่สามารถหาที่อยู่อาศัยได้เนื่องจากกฎหมายกรรมสิทธิ์ในที่ดิน
ในขณะเดียวกัน ชิซุกะ ไจแอน ซูเนโอะ และโดราเอมอนต้องการหนีออกจากบ้านด้วยเช่นกัน ด้วยเหตุผลส่วนตัวของแต่ละคน
โนบิตะแนะนำว่าเราควรย้อนเวลากลับไปอยู่ในที่ที่ไม่มีมนุษย์ เพื่อนๆเห็นด้วย จึงไปที่ญี่ปุ่นยุคก่อนประวัติศาสตร์เมื่อ 70,000 ปีก่อน
เมื่อมาถึงญี่ปุ่น โดราเอมอนมอบหมายให้ทุกคนปฏิบัติภารกิจต่างๆ ชิซุกะได้รับงานดูแลสวน ไจแอนได้รับงานพัฒนาบ้าน ซูเนะโอะรับงานการเกษตร และโนบิตะรับงานดูแลสัตว์เลี้ยง โดยมีโดราเอมอนดูแลทุกกระทรวง
โนบิตะผสมยีนของสัตว์ชนิดต่างๆ และสร้างดราก้อน กริฟฟิน และเพกาซัส เมื่อโดราเอมอนมา เขาก็ซ่อนมันเอาไว้ก่อน
ตกตอนเย็น เมื่อรับประทานอาหารเย็น ทุกคนตัดสินใจกลับบ้าน และจะมาเที่ยวที่นี่ในวันถัดไป
ในวันรุ่งขึ้น เด็กชายตอนเริ่มเรื่องได้แอบย้ายเข้าไปในห้องของโนบิตะและซ่อนตัวอยู่ในตู้เสื้อผ้า เมื่อ Gian และ Suneo มา เด็กชายโจมตี Gian และ Gian ก็ต่อสู้กับเขา เนื่องจากความอ่อนล้า เด็กชายจึงหมดสติไป
เมื่อการมาถึงของโนบิตะ ชิซุกะ และโดราเอมอน ทั้งกลุ่มก็เคลื่อนไปสู่อดีตอีกครั้ง โดยพาเด็กชายประหลาดคนนี้ไปด้วย
พวกเขาพาเด็กเข้าไปในถ้ำ และเมื่อเขาได้สติ ชิซุกะก็ให้อาหารแก่เขา
ในขณะเดียวกัน โดราเอมอนค้นหาด้วยสัญญาณผ่านกาลเวลาและได้รู้ว่าเด็กชายมาจากที่ไหนสักแห่งในเมืองหนานจิง ประเทศจีนในปัจจุบัน ซึ่งมีมนุษย์อาศัยอยู่แล้วเมื่อกว่า 70,000 ปีก่อน
โดราเอมอนยังใช้วุ้นแปลภาษาเพื่อที่จะเข้าใจเขา เขาบอกว่าตัวเองเป็นสมาชิกของเผ่าแสงสว่าง เผ่าของเขาถูกโจมตีโดยเผ่าความมืดที่เอาคนทั้งหมดของเขาไป ทุกคนจึงตัดสินใจที่จะช่วยเขา
พวกเด็กๆ ติดตามเผ่าความมืดบน Pegasus, Dragon และ Griffin เป็นเวลาสี่วัน
ในวันที่สี่ ทุกคนก็ตามจนเจอ ทำให้เกิดการต่อสู้กัน
แต่ว่าหมอผีมีพลังแข็งแกร่งมาก โดราเอมอนจึงใช้ของวิเศษ เป็นผ้าคลุมสะท้อนกลับทำให้สา