Ceritanya berlatar di sekitar tahun kesebelas Zaman Tokugawa. Seorang ninja bernama Gabimaru yang dikenal sebagai ninja pembunuh paling ditakuti, berhasil ditangkap. Saat sedang dipenjara menunggu keputusannya, Gabimaru menerima tawaran dari sang algojo apabila dirinya masih ingin melihat istrinya lagi. Syaratnya adalah jika dia bisa mendapatkan ramuan keabadian dari pulau misterius, mereka akan membebaskannya.