sebuah bencana menimpa dunia yaitu tragedi pembatuan manusia, 3.700 thn kemudia seorang ilmuan bernama ishigami senku bangkit dari pembatuan nya , setelah bangkit senku membangkitkan temanya dan menjalani kehidupan mencari sosok dalang dari tragedi tersebut , sampai akhirnya senku dan teman teman menemukan sosok tersebut yang bernama whyman yang menciptakan medusa