Komputer super X.A.N.A telah melakukan serangan lain terhadap planet kita. Kali ini, ia telah mengambil kendali atas boneka beruang Milly kecil. Milly adalah siswa di sekolah menengah pertama yang sama dengan pahlawan kita. Tidak hanya boneka beruang itu hidup kembali dan menjadi sangat agresif, tetapi ia juga tumbuh sebesar bangunan di depan mata kita. Keamanan seluruh kota dalam bahaya. Sementara Ulrich bergegas untuk membantu Yumi, Odd harus bertarung melawan Lyoko sendirian - dengan Jeremy bertindak sebagai dukungan dan panduan moralnya - sehingga teman virtual mereka Aelita dapat menggagalkan serangan X.A.N.A. Sementara itu, Yumi dan Ulrich, dengan Milly di belakangnya, harus melakukan sesuatu yang sangat menakjubkan jika mereka ingin melarikan diri dari cengkeraman mengerikan boneka beruang raksasa itu.