Tiếp nối phần I sau khi cậu bé cùng sư phụ Jiraiya của mình đi tập luyện xa trở về làng Lá. Sau khi huấn luyện 2 năm rưỡi với Jiraiya, Naruto trở về làng Lá, đoàn tụ với những người bạn cậu đã chia tay, và lập lại Nhóm 7, giờ được gọi là Nhóm Kakashi