Raya and the Last Dragon berlatar di dunia Kumandra yang damai, tempat manusia dan naga hidup berdampingan. Namun, kedamaian tersebut rusak ketika Roh Jahat bernama Druun muncul dan mengubah siapa saja yang tersentuhnya menjadi batu. Para naga berusaha melawan, tetapi hanya satu naga yang selamat, Sisu. Sisu mengorbankan diri untuk menciptakan sebuah permata yang dapat mengalahkan Druun, namun naga-naga lainnya tetap menjadi batu.
Lima ratus tahun kemudian, dunia Kumandra terbagi menjadi lima Desa : Hati, Cakar, Ekor, Tulang & Taring.
Raya, seorang pejuang muda dari Desa Hati, berusaha mengumpulkan potongan-potongan permata untuk memanggil kembali Sisu dan menghentikan Druun yang mulai muncul kembali. Dalam perjalanan, Raya bertemu dengan berbagai karakter, termasuk Namaari, pejuang dari Taring yang awalnya menjadi musuh Raya.
Raya, bersama Tuk Tuk, Boun, Noi, Tong, dan Sisu, berusaha mengumpulkan semua potongan permata yang hilang. Mereka menghadapi berbagai tantangan dan harus belajar untuk saling percaya. Di akhir cerita, setelah melalui berbagai ujian, Raya memutuskan untuk mempercayai Namaari, yang akhirnya membantu menyatukan kembali potongan-potongan permata. Dengan kekuatan persatuan dan kepercayaan, mereka berhasil mengalahkan Druun, mengembalikan kehidupan, dan menyatukan kembali Kumandra.
Film ini mengajarkan pentingnya kepercayaan, persatuan, dan kerja sama untuk mengatasi perbedaan dan kesulitan.