お天気研究所のポワルン

晴天の中歩いていたはずのサトシ一行はその途中突如吹き荒れる吹雪に見舞われてしまう。サトシ達はてんきポケモン・ポワルンのおかげで吹雪から脱出する事が出来、後から現れたお天気研究所の所長バールとその助手のミリから天候の実験により吹雪を発生させてしまったと聞かされた。バールはそのお詫びにとサトシ達を研究所へ招いたが、研究所には超古代ポケモンに関する機密データが保存されており、それを狙ってアクア団が現れる。超古代ポケモンのデータはミリによって別のメモリーに移され、奪われないようにとコンピューターから削除された。しかし、実はミリもまた変装していたマグマ団の一員であり、その正体は千の顔を持つと言われている変装の名人バンナイだった。超古代ポケモンのデータはマグマ団の手に渡ってしまったが、本物のミリが後から現れ、研究所では消えてしまった資料のデータ化を一からやり直すのだった。