Anime ini bermula dari Natsume Takeshi yang telah yatim piatu. Sejak kecil ia sudah bisa melihat ayakashi dan yokai atau sejenis siluman atau makhluk halus. Orang yang berada di sekitarnya, menganggap aneh. Oleh karena itu, dia mempunyai masa kecil yang suram. Dan juga sering berganti-ganti keluarga (yang mengadopsinya) karena keluarga yang pernah mengadopsi merasa takut dengan kelebihan Natsume itu. Untungnya, keluarga yang saat ini tinggal bersamanya sangat baik kepadanya. Makannya, ia menyembunyikan kemampuan itu dari keluarga ini. Bakatnya itu ia dapatkan dari neneknya, natsume Reiko. Ia juga mendapatkan Yuujinchou dari nenek nya. Yuujinchou atau "Buku Persahabatan" adalah buku yang berisi nama-nama dari Yokai yang berhasil i kalahkan oleh neneknya di masa muda, siapapun yang memiliki buku itu artinya bisa memanggil semua yokai yang ada di dalamnya dan yokai itu bisa di suruh apa pun.
Suatu hari saat ia di kejar-kejar oleh yokai yang meminta namanya kembali. Ia secara tidak sengaja melepas sgel sebuah siluman yang mempunyai rupa seperti kucing yang bernama Madara atau lebih sering dipanggil Natsume dengan nama Nyanko-sensei. Ia berusaha merebut Yuujinchou dari tangan Natsume. Namun, Natsume berhasil mempertahankannya dan akhirnya Madara menjadi pengawal sekaligus guru Natsume dalam mempelajari sifat-sifat dan kehidupan yokai.
Natsume Yuujinchou adalah anime The Best Slice of Life dan memiliki banyak keunikan di setiap episodenya. Karena ketika Natsume ingin mengembalikan nama-nama Yokai yang ada di dalam buku tersebut dia pun bertemu dengan banyak Yokai yang unik.