Kisah film Mary and The Witch’s Flower diawali dengan seorang gadis yang kabur dari ledakan laboratorium sihir. Ia terbang dengan sapu ajaibnya, namun menumpahkan biji ajaib yang membuat lokasi tersebut memiliki tumbuhan dan hewan-hewan ajaib yang terus berkembang.
Seorang gadis bernama Mary Smith pindah ke rumah bibinya karena ditinggal oleh orang tuanya. Meski terkesan tidak ramah, Mary sebetulnya sangat berusaha untuk diterima di rumah bibinya dengan melakukan berbagai pekerjaan rumah. Kesehariannya juga tidak terlalu menyenangkan ketika seorang bocah bernama Peter selalu menggodanya karena rambut merah Mary yang berantakan.
Hingga suatu hari, Marry mengikuti kucing Peter ke hutan, Tib Dan Gib. Ia menemukan bunga biru ajaib yang merubahnya menjadi seorang penyihir dengan sapu terbang ajaib. Sapu tersebut pun mengatar Marry ke sebuah laboratorium sihir yang besar, bagai kastil dalam negeri dongeng.
Di awali dengan berbagai pengalaman ajaib yang menganggumkan, ternyata tersembunyi misi jahat di balik keindahan laboratorium tersebut.
Mampukah Marry lolos dari laboratorium sihir tersebut dengan selamat dan menyelamatkan temannya? Saksikan sendiri kisah petualangan Mary and The Witch’s Flower.