神秘! 宇宙からきたポケモン!?

遥か彼方宇宙から飛来してきた隕石からいんせきポケモン・ルナトーンが現れた。しかしルナトーンはポケモンのあらゆる不思議を追求する2人組・PFC（ポケモン不思議クラブ）に狙われて力を消耗してしまう。サトシ一行はトクサネシティを目指して中継地点であるバレータウンを訪れるが町は廃れ、人気がなく、ポケモンセンターのジョーイさんからは優しさが消えていた。やがてそれらの異変は自分を守るために町の人たちをさいみんじゅつで操っていたルナトーンによって起こされていたと判明した。サトシ一行は正気に戻ったジョーイさんと共に弱り切ったルナトーンを月の光が差すバクーダの谷まで運び、元気を取り戻させようとするが、ルナトーンを追っていたPFCが現れた。サトシ達に守られながらルナトーンは月の光を浴びてついに復活し、めざめるパワーでPFCを撃退！その後ルナトーンはサトシ達に別れを告げて月を目指して旅立つのだった。