ピカチュウとのわかれ…!

ビンヌの港から船に乗ってホウエン地方へ向かっていたサトシはしつこくも後を追ってきたロケット団にピカチュウを奪われてしまい、さらには船の貯水タンクも破壊されてしまう。船は修理のため近くの港に停泊し、ムサシ・コジロウとニャース・ピカチュウは荷台に飛び乗ったそれぞれのトラックによってはぐれてしまい、その後ニャースとピカチュウはゴーストたちの縄張りに入ってしまう。ピカチュウがゴーストを撃退したのを見て港の弱いポケモンたちはボスとなって自分たちを守ってほしいと頼んでくる。しかし間もなくしてムサシとコジロウが現れて、スーパー電磁石マシンの磁力でピカチュウを捕らえる。それは凄まじい磁力を帯びていた！後から駆け付けたサトシも他にポケモンを持っていなかったので戦えなかったが港のコラッタとゴーストたちが協力してロケット団を撃退し、ピカチュウを助け出してくれた！港のポケモンたちは今回をきっかけに打ち解け、サトシとピカチュウは無事船に戻る事が出来た。そして翌日、いよいよホウエン地方のミシロタウンが見えてきた頃サトシはようやくピカチュウの異変に気付く。