ルギアとの約束

ロケット団によってルギア親子が連れ去られてしまい、サトシ達も秘密基地の牢屋へ入れられてしまう。一方ムサシとコジロウはヤマトとコサンジ（コサブロウ）の手柄を横取りしようと基地に潜入し、同じく潜入していたオサムにサトシ達の牢屋の暗証番号を教えてわざと助け出すことで基地内の混乱を招こうとする。オサムのおかげで脱出出来たサトシ達はシルバーを助け出すためナンバ博士と対決する。一方ムサシとコジロウはヤマトとコサンジ（コサブロウ）と対決しその最中ポケモン達の攻撃で施設の装置が壊れ、捕らえられていた母親のルギアが解放される。怒り狂って暴れる母親ルギアにサトシ達は助け出したシルバーを連れて行き、約束を果たした事を証明する。そしてシルバーの呼びかけで母親ルギアはようやく怒りを鎮めた。もう2度と危険な目に遭わないためにルギア親子は沖島を離れることになったがいつの日か大きくなったシルバーがオサムに会いに来てくれることだろう。サトシ達はヒロシやオサムを別れてアサギシティへ戻るため港へ向かうのだった。